29 setembro 2020
Pesquisadores da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB|Unesp) e do Centro de Estudos do Genoma Humano e de Células-Tronco (CEGH-CEL) do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo (IB-USP) concluíram o sequenciamento do genoma completo de 1171 idosos paulistanos.
A análise dos dados, reunidos em um repositório de acesso aberto, permitirá identificar mutações genéticas responsáveis por doenças, estimar a sua incidência na população brasileira, encontrar variantes que podem ser determinantes para o envelhecimento saudável, entre outras aplicações.
Os resultados do estudo foram publicados na plataforma bioRxiv, em artigo ainda sem revisão por pares.
O pesquisador do Departamento de Patologia da FMB|Unesp, Dr. Erick da Cruz Castelli, fala sobre os resultados do trabalho.
1) Como surgiu a possibilidade de a FMB|Unesp participar desse projeto?
O Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (GeMBio), coordenado por mim e situado na Unidade de Pesquisa Experimental (Unipex) da FMB|Unesp, desenvolveu estratégias computacionais para estudar genes extremamente variáveis. Nós desenvolvemos métodos computacionais para estudar a variabilidade de genes HLA, que são os mais polimórficos do genoma humano e importantes para a montagem de respostas imunes contra patógenos. Esses são os genes que devem ser compatibilizados entre doador e receptor em situações de transplantes. Os métodos desenvolvidos na Unesp permitem estudar os polimorfismos de HLA sem a necessidade de ferramentas e/ou kits comerciais. Esses métodos foram desenvolvidos em teses de mestrado e doutorado de alunos de dois Programas de Pós-Graduação (PPGs): o de Patologia da FMB e de Genética do Instituto de Biociências de Botucatu (IBB|Unesp).
O grupo do Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco da USP sequenciou o genoma completo de cerca de 1171 idosos paulistanos, identificando mutações genéticas responsáveis por doenças, variantes genéticas determinantes para o envelhecimento saudável, e disponibilizando as frequências de cada variante genética observada em um banco de dados público. No entanto, algumas famílias de genes (como os genes HLA e KIR) necessitam de ferramentas especializadas para captar adequadamente todas as variantes desses genes.
Por meio de uma parceria entre os grupos da USP e Unesp, aplicamos o método aqui desenvolvido para estudar o genoma desses grupos de idosos, detectando toda a diversidade genética dos genes HLA. Encontramos dezenas de novas sequências, algumas bastante frequentes no Brasil. Além disso, quando aplicamos nosso método nessa amostra brasileira e em amostras de diversas populações mundiais, observamos que a diversidade observada no Brasil é superior à observada na maioria das populações estudadas. Isso demonstra a importância de se avaliar uma população heterogênea como a brasileira, pouco representada em bancos de dados públicos e um rico repositório de variação genética.
2) Na sua avaliação, como representante da FMB, qual o ganho que a Instituição tem nessa pesquisa?
Inicialmente, nós desenvolvemos os métodos de estudo dos genes HLA para estudar um pequeno número de amostras (cerca de 300) e apenas alguns genes HLA. O acesso ao dado dos genomas completos permitiu uma evolução em nossos métodos computacionais, que agora são capazes de processar milhares de amostras em um curto prazo de tempo e avaliam a maioria dos genes dessa família gênica. Além dos dados brasileiros, essa evolução permitiu a avaliação de milhares de amostras disponíveis em bancos de dados públicos, produzindo um banco de dados de variantes genéticas extremamente rico e que norteará estudos futuros em colaboração com os centros envolvidos na pesquisa, como a relação entre mutações em genes HLA e tumores, associação entre variantes de genes HLA e susceptibilidade a infecções, estudos de genética populacional e evolução, entre outros.
3) Quem são os alunos e docentes da FMB|Unesp que integram o trabalho?
Os participantes da FMB/Unesp são:
. Nayane dos Santos Brito Silva e Marília Rodrigues Silva Passos, alunas de mestrado do Programa de Pós-Graduação em Patologia.
. Camila Ferreira Bannwart Castro, pós-doutoranda do Programa de Pós-Graduação em Patologia.
Também há participação de dois alunos do IBB/Unesp:
. Andreia da Silva Souza (doutorado) e Heloísa de Souza Andrade (mestrado), ambas do Programa de Pós-Graduação em Ciências (Genética).
. Erick C. Castelli, pesquisador da FMB|Unesp, responsável pelo Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (GeMBio) e orientador dos alunos listados acima.
Assessoria FMB
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